Le risque d'inondation est le risque qui touche le plus de communes en France. Le département ne fait pas exception, 83% des communes sont concernées par une zone inondable plus ou moins étendue. Plusieurs cartographies, à usages différents, présentent les zones inondables du département : la cartographie informative des zones inondables (CIZI), les plans de surfaces submersibles (PSS), la cartographie du Territoire à Risques importants d'Inondation (TRI) dit « de Toulouse », les Plans de Prévention des Risques (PPR). Différentes mesures prises à titre de prévention et de protection contre le risque inondation sont mises en place : entretien de cours d’eau et de berges, couverture végétale, barrages, digues, création de zone de rétention temporaire des eaux de crues ou de ruissellement, création ou restauration des zones de mobilité de cours d’eau, maîtrise de l’aménagement et de l’urbanisation dans les zones inondables, surveillance de la montée des eaux, élaboration et mise en place de plans de secours, actions de prévention et de sensibilisation, ….
Dans le département, en janvier 2020, 211 communes bénéficient d'un PPRi approuvé ou en voie de l'être.
A Toulouse, la Garonne est bordée par 16 km de digues (sur les deux rives) dont la gestion est partagée entre l’État, la ville et des propriétaires privés (EDF, CHU ou usine hydroélectrique du Martinet). Quel que soit le degré de protection des digues, les zones endiguées sont et restent des zones où un risque d’inondation demeure. Ces ouvrages ont vocation à protéger les populations et bâtiments existants et non à permettre une urbanisation nouvelle.
Les propriétaires riverains d'un cours d'eau sont tenus d'effectuer un entretien courant régulier (retrait des embâcles, élagage de la végétation...) afin de maintenir l'écoulement naturel des eaux. Cette obligation s'applique également aux riverains d'un cours d'eau domanial. Une collectivité peut se substituer à l'obligation d'entretien par une déclaration d'intérêt général (DIG) en application des dispositions de l'article L211-7 du code de l'environnement.